Pořízení databáze stojí 6 000 Kč jednorázově při podpisu smlouvy.
Poplatek za provoz databáze je 6 400 Kč a platí se zpětně za každý započatý kalendářní rok provozu, vždy do 1. 2. následujícího roku.
Organizace, které mají v daném roce platnou smlouvu na více než 2 databáze IS PePa (smlouvy na stejné IČO uživatele), mají v tomto roce nárok na 50% slevu z Poplatku za provoz u třetí a dalších databází.
| počet databází | roční provoz | celkem |
| 1. | 6 400 Kč | 6 400 Kč |
| 2. | 6 400 Kč | 12 800 Kč |
| 3. | 3 200 Kč | 16 000 Kč |
| 4. | 3 200 Kč | 19 200 Kč |
| 5. | 3 200 Kč | 22 400 Kč |
| 6. | 3 200 Kč | 25 600 Kč |
| 7. | 3 200 Kč | 28 800 Kč |
| 8. | 3 200 Kč | 32 000 Kč |
| 9. | 3 200 Kč | 35 200 Kč |
| 10. | 3 200 Kč | 38 400 Kč |
Na které databáze má být sleva uplatněna, je třeba se domluvit s poskytovatelem před vystavením faktury v programu IS PePa.